Tidak ada satu cara tunggal untuk menyusun audit universe, karena setiap organisasi memiliki struktur dan cara kerja yang unik. Pedoman AAIPI menyarankan agar pendekatan yang dipilih selaras dengan cara manajemen mengorganisasi sumber dayanya. Terdapat setidaknya tiga pendekatan utama yang dapat digunakan.
Pertama adalah pendekatan struktur organisasi. Ini adalah pendekatan yang paling umum digunakan, di mana auditable units ditetapkan berdasarkan hierarki birokrasi, seperti kementerian, direktorat, dinas, atau badan. Pendekatan ini sangat cocok untuk organisasi pemerintahan yang memiliki struktur formal dan pembagian tugas yang jelas.
Kedua adalah pendekatan program. Pendekatan ini relevan untuk program-program pemerintah yang bersifat lintas sektoral dan melibatkan banyak institusi, seperti Program Penanggulangan Kemiskinan atau Program Ketahanan Pangan. Ketiga adalah pendekatan proses bisnis, yang efektif untuk unit kerja yang bersifat pelayanan masyarakat dan diorganisasikan dalam bentuk matriks, seperti Kantor Pelayanan Terpadu Satu Pintu.
